با پیگیری موضوع تأسیس مراکز تحقیقاتی (واحدهای پژوهشی) در دانشگاه اصفهان که جزو وظایف اصلی دفتر ارتباط با صنعت و جامعه است، در سال 1381 مرکز تحقیقات فنی و مهندسی راه‌اندازی گردید. در سال 1384 «دفتر ارتباط با صنعت و جامعه» از «دفتر امور پژوهشی» جدا شده و کار خود را به‌عنوان یک دفتر مستقل آغاز نمود و بر اموری چون بازنگری آیین‌نامه‌ها و تدوین آیین‌نامه‌های جدید، برگزاری جلسات تخصصی با صاحبان صنایع و مدیران سازمان‌ها و نهادها، انعقاد قرارداد طرح‌های پژوهشی برون‌دانشگاهی، تشکیل شورای ارتباط با صنعت و جامعه، و نیز راه‌اندازی سایت دفتر تمرکز نمود.
از سال 1388 ایده تشکیل گروه‌های پژوهشی، مراکز پژوهشی و پژوهشکده‌ها مطرح گردید که با توجه به تنوع تخصص‌های موجود در دانشگاه اصفهان، منجر به تشکیل گروه‌های متعدد پژوهشی شد. در حال حاضر در دانشگاه اصفهان 36 گروه پژوهشی در قالب 12 مرکز، پژوهشکده و گروه پژوهشی فعال می‌باشند.